大火扑灭四天后，燕王朱棣正式登基称帝，改年号“永乐”，是为永乐大帝。朱棣登上了皇位，然而绚丽的皇冠上始终有那么一点不完美，那就是皇宫大火扑灭以后，朱允炆的下落成了一个谜，建文四年的那场大火所带来的不仅是新的统治者，也掩盖住了建文帝的结局和行踪，直到现在建文帝的下落都是一个争议问题。
1.建文帝真的死了？
朱棣“认为”如此大的火势之下建文帝应该死了，所以明朝的官方记载中朱允炆确实是死了。《明太宗实录》更是记载得十分详细，说燕王朱棣进城以后，宫里的太监宫女都开始四处逃难，建文朝的大臣们这时候也都不知去向了，建文帝在宫中看到大势已去，虽然还有一些心腹劝他趁着皇宫还没陷落，赶快逃出去再做打算，君子报仇十年不晚，陛下您四叔都四十了，还能活几年，您出去招兵买马再打回应天来，到时候我们还给您做接应。但朱允炆觉得自己百万大军都失败了，哪还能东山再起，就算逃还能逃到哪去，总不能逃到其他藩王那去借兵吧，算了还是去见皇爷爷吧。