隆庆四年(1570年),朱载垕开始关心北部边境防务,并十分注意加强军队的训练,以巩固边防。蒙古部落首领俺答汗的孙子名叫把汉那吉,当时因为家庭纠纷,一气之下投奔了明朝。后来,俺答汗率领蒙古兵到明朝边界要他们的人,时任宣府大同总督的王崇古坚守不出,因此双方也没有爆发大规模的战斗。随后,在内阁大学士高拱和张居正的策划与安排下,明朝派出一名使者与俺答汗进行谈判。最后终于达成协议,用把汉那吉交换曾经背叛明朝,投奔蒙古部十余年的汉奸赵全,事件才得以和平解决。
除此之外,朱载垕还有一个天大的优点,那就是“用人不疑,疑人不用”。但凡是他信任的大臣,他就会无所顾虑,放手让他们去发挥自己的才能。可以说,朱载垕在使明王朝向最后一个繁荣时期发展的过程中,起了重要的过渡作用。明朝与蒙古两百年来的互相征战,终于在朱载垕的治理下告一段落。从此以后,草原上的硝烟少了很多,两个民族之间几乎再也没有大规模的征伐事件发生了。