窝阔台非常宠信耶律楚材,有一次在宴会上,他亲自为耶律楚材倒酒,说:“我这样信任你是遵从了父亲的遗命。没有你的话,中原就没有今天。我之所以能睡上安稳觉,也全靠你啊!”但是伴君如伴虎,有一次,两个道士在朝中争名夺利,一个诬陷另一个的两个下属是逃犯,于是把那两个人抓起来杀掉了。耶律楚材认为他们这样做不对,把相关人抓起来,窝阔台很生气,把耶律楚材捆了起来,后来又觉得后悔,命令给他松绑。但耶律楚材说:“我身为辅国大臣,皇上开始下令把我绑起来,一定是因为我有罪,应当向百官宣布。现在放了我,就说明我没罪。皇上怎么能说抓就抓说放就放呢?这样下去,国家大事还怎么处理?”其他人都为他捏了把冷汗,窝阔台却向他道歉道:“我虽然是皇帝,但也不能保证不犯错嘛。”好不容易才让耶律楚材消了气。
耶律楚材死得比较早,死时才55岁。当时窝阔台已经死了,他的皇后执掌了朝政。有人说耶律楚材的坏话,说他长期手握大权,天下的赋税他差不多侵吞了一半。皇后派人前去他家调查,结果在他家只找到十几张七弦琴、一些书画和古玩而已。