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1963年12月至1964年1月，一部分流亡国外的图西族人曾向国内发动武装进攻，但均遭失败。两族冲突，政局动荡，经济停滞，卢旺达人民处于水深火热之中。一些有见识的胡图族人对卡伊班达政府的所作所为也表示不满。
1973年2月，在卢旺达南部布塔雷的国立大学内，爆发了两族学生冲突，占多数的胡图族学生将图西族学生驱逐出校园。随着，一场排斥图西族的暴力活动蔓延到首都和其他地区，至少有300多人丧生，图西族人又开始外逃。这场部族流血冲突的严重性还在于，随着图西族资产阶级的外逃，大批资金、经营者和技术人员外流，对卢旺达的经济产生了严重的影响，经济的停滞使失业人数猛增，使社会陷于困境。卢旺达武装部队中有识之士对卡伊班达总统的部族偏执立场深感不满。部分高中级军官准备趁机夺取政权，他们的领导人是国民警卫队司令朱韦纳尔·哈比亚利马纳少将。
国民警卫队政变
哈比亚利马纳是胡图族人，任警卫队司令已达8年之久，在武装部队中拥有很大的权力。但主张胡图族和图西族实行和解，强调民族团结和全国的统一。他认为卡伊班达的国内政策已导致卢旺达局势长期混乱和经济陷于危机，造成民族的严重分裂。
7月5日清晨，卢旺达国民警卫队集体发动政变，得到了包括胡图族和图西族大多数人的支持。因此，政变没有遇到任何抵抗，顺利地接管了政权，并发表公报。公报阐述了国民民警卫队发动政变的原因，说卡伊班达总统执政上的错误，已使“国家的统一受到威胁，和平安定的生活遭到破坏”，惟有建立新的政府才能使卢旺达摆脱危机，制止部族间的流血冲突。公报宣布，军方组成的“全国和平统一委员会”将代替前政府，行使一切权力，哈比亚利马纳少将自任委员会主席。政变当局将卡伊班达总统和各部部长置于监护之中。还宣布停止帕梅胡图党的活动，并解散国民议会。公报宣布，为了政府机构的运转，已命令各部的副部长接管各部门的管理；各地驻军司令接管地区行政机构，以保证政局的稳定和正常的社会秩序。由于武装部队直接控制了整个国家，因此没有出现流血事件。政变当天，首都基加利只出现少数军队在市区巡逻，商店照常营业，学校照常上课，机场正常开放。

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